La guerre est déclarée en 1939. Jean-Toussaint Desanti est mobilisé comme soldat de deuxième classe.
1940 : Défaite, démobilisation. Les Desanti fréquentent, rue Campagne Première, l’atelier où vivent Alix Guillain et le philosophe Bernard Groethuysen - qui révélera au jeune normalien aussi bien Dilthey que Heidegger. Groethuysen était à l’époque conseiller littéraire aux éditions Gallimard. Chez le couple, les Desanti se lient avec le philosophe Brice Parain, les poètes Francis Ponge et Jean Tardieu, et Jean Paulhan qui vient de démissionner de la « Nouvelle Revue Française ». C’est là aussi qu’ils verront Eluard et Dubuffet, peintre alors rejeté, ainsi que Malraux et bien d’autres intellectuels de premier plan.
En juin, ils entendent à la radio l’appel de De Gaulle, un Général dont ils ignoraient tout jusque là.
En octobre, ils se réunissent en un groupe d’étudiants et de chercheurs révolutionnaires, sans appartenance précise, qu’ils baptisent ironiquement « le Zoo ». Ils conçoivent, ronéotent et distribuent un tract périodique intitulé « Sous la Botte ».
Premier poste de délégué rectoral au lycée Charlemagne, dans le Marais, où des élèves en fin d’année disparaissaient sans préavis de la classe : c’étaient des élèves juifs.
En 1941, délégué rectoral au lycée Rollin, un lycée ou enseigne également Daniel Decourdemanche, professeur d’allemand et Résistant connu sous le nom de Jacques Decour. Sous ce nom et pour ses actes, celui-ci sera fusillé en 1944, à 34 ans. Une amitié le liait à Jean-Toussaint Desanti. Chacun savait que l’autre « faisait quelque chose », mais ils n’en parlaient jamais. La même année, le « Zoo », par l’intermédiaire de Maurice Merleau-Ponty, entre en contact avec Jean-Paul Sartre, rapatrié sanitaire de son Stalag. Avec Sartre, Beauvoir et leurs amis, ils font paraître « Socialisme et Liberté », de façon toujours artisanale.
En 1942, reçu à l’agrégation, Jean-Toussaint Desanti est nommé dans le nouveau lycée, ouvert à Vichy, pour les enfants des fonctionnaires repliés dans la « capitale » de Pétain. Le couple préfère s’installer à Clermont-Ferrand. Bientôt contactés par une organisation de Résistance baptisée « Front National », clandestinement dirigée par le Parti communiste, les Desanti s’occupent également du « Mouvement National contre le Racisme » (MNCR). Ils mènent une double vie, dont la partie clandestine occupait la majeure partie de leur temps. Comme tous leurs camarades, ils « vivent un peu au-dessus d’eux-mêmes ». « Le risque très consciemment accepté nous rendait le présent plus joyeux et plein d’espoir un avenir que nous n’espérions pas atteindre personnellement. »
En 1943, ils adhèrent séparément au PCF.