En 1963, bien qu’il se soit éloigné du PCF à partir de la fin des années 1950 et qu’il considère ne plus appartenir au mouvement, la maison d’éditions du Parti, Les Éditions sociales, publie sous le titre Phénoménologie et Praxis un ouvrage de lui, issu de cours prononcés à l’université populaire. L’ouvrage sera ensuite réédité plusieurs fois en collection de poche chez Gallimard sous le titre Introduction à la phénoménologie. Jean-Toussaint Desanti y adjoindra, chaque fois, une introduction conséquente.
1968. Jean-Toussaint Desanti est entraîné par le mouvement de Mai dont il restera convaincu qu’il a profondément influencé le changement des rapports entre enseignants et enseignés et surtout entre hommes et femmes. Il s’est toujours montré féministe et en théorie et en action. À l’automne 1968, il soutient sa thèse, Recherches épistémologiques sur le développement de la théorie des fonctions de variables réelles, qui est publiée la même année au Seuil sous le titre Les Idéalités mathématiques. Tout en enseignant, en voyageant (Mexique, Brésil, Italie), il écrit de nombreux articles, donne des entretiens et prononce des conférences.
1975. Publication aux éditions du Seuil d’un recueil d’articles sous le titre La philosophie silencieuse ou critique des philosophies de la science.
1976. Avec deux de ses anciens étudiants de l’ENS de Saint Cloud, Blandine Barret-Kriegel et Pascal Lainé (prix Goncourt), il publie chez Calmann-Lévy un livre d’entretiens Le philosophe et les pouvoirs.