1982. Pour répondre au questionnement insistant de son ami Maurice Clavel, « Quel philosophe es-tu ? », qui sera interrompu par la mort subite de Clavel et repris par Bernard-Henri Lévy, Jean-Toussaint Desanti analyse son engagement stalinien et les phénomènes de la croyance dans Un destin philosophique. Le livre paraîtra aux éditions Grasset, puis au Livre de Poche quelques années plus tard.
En 1992, parution chez Grasset de Réflexions sur le temps, premier ouvrage d’une série intitulée Variations philosophiques, conçue avec Dominique-Antoine Grisoni et publiée sous forme de conversations rédigées.
1994. La retraite n’a pas arrêté son enseignement comme « professeur émérite ». Il continue notamment d’assurer à Paris I Panthéon-Sorbonne un séminaire pour les agrégatifs. Il l’interrompt lui-même l’année de ses 80 ans, estimant qu’« il ne faut pas charrier, même sur une chaire... »
1998-1999. Tournage des Chantiers du philosophe, un très long documentaire pour la télévision, conçu par Dominique-Antoine Grisoni et réalisé par Pierre-André Boutang. Il sera diffusé en quatre volets, d’une heure chacun, sur la chaîne Histoire en mars 2000. Parution aux éditions Grasset de Philosophie : un rêve de flambeur, second volume de ses Variations philosophiques avec Dominique-Antoine Grisoni, et mise en chantier, toujours avec le même interlocuteur, de ce qui sera son livre « posthume », La peau des mots ou la question de l’Éthique.
2000. Début janvier, parution aux éditions Odile Jacob de La Liberté nous aime encore, un livre commun avec sa compagne Dominique, où sont longuement évoqués souvenirs et opinions sur l’amour, la politique, la pensée et la vie en général. Livre d’entretien à trois voix très distinctes, conduit par Roger-Pol Droit.
L’ouvrage sortait de l’imprimerie quand, le 1er janvier, le cœur de Jean-Toussaint Desanti donne des inquiétudes. Hospitalisation immédiate. Un triple pontage coronarien est envisagé puis effectué. Totale réussite chirurgicale. Jean-Toussaint Desanti s’apprête à sortir pour sa convalescence.
Le 20 janvier, Jean-Toussaint Desanti s’éteint brutalement d’un accident post-opératoire, aux alentours de 13h30.
Le samedi 26 janvier, obsèques au cimetière du Père Lachaise. Les cendres seront dispersées, selon ses vœux, à Ajaccio, au large des Îles Sanguinaires.